作為全國9個生態良好地區之一，衢州自然稟賦得天獨厚，既是全球12個具有國際意義的生物多樣性分布中心之一，又是全國首批10個國家公園體制試點區之一的錢江源國家公園所在地。多年來，衢州始終堅持把加強生物多樣性保護作為不斷擦亮衢州綠色生態本底的重要抓手，把生物多樣性保護融入到生態文明建設全過程。2016年，錢江源國家公園體制試點獲批，正式啟動國家公園體制試點建設，目前，錢江源國家公園仍然保持著生態系統的原真性和完整性，保存著大面積全球稀有的中亞熱帶低海拔典型的原生常綠闊葉林地帶性植被。2019年，全面啟動全市域生物多樣性本底調查，是較早開展重點區域生物多樣性調查評估的地區，目前，已完成衢江、江山、開化三個重點區域的調查評估并形成了調查成果，發現了一批新物種和多年未見的重點保護物種；柯城、龍游、常山三縣域的評估調查正有序推進中，2024年初步建成生物多樣性監測網絡。

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