標志以東南大學校標為基礎，將校標中大禮堂的形象提取出來，將大禮堂立面柱式結構上半部分羅馬柱的圖形巧妙的繪制以負形空出字母M的造型，象征馬克思主義，隱喻地表達了東南大學馬克思主義學院的屬性。

標志設計以火炬和書本為主要元素，火炬象征著光明、勇敢與團結，引領人類前行。凸顯馬克思主義照亮了人類探索歷史規律和尋求自身解放的道路，火炬也伴有啟蒙的含義，書本是智慧的象征、人生的向導、心中的啟明星。標志以一個字母“M”變形的火焰與書本結合構成火炬的造型。標志同樣以紅色和藍色為主色，象征馬克思主義先進思想和理性的思維、科學的精神。 

標志整體造型設計成字母“M”的形態，代表“Marxism（馬克思主義）”，另外，造型元素又致敬東南大學的標志，都有代表性的多立克柱和三角形山墻式樣，與東南大學進行關聯，既突出了標志的獨特性，又彰顯了馬克思主義學院的莊重性和嚴肅性。標志色彩選擇了暗紅色，內斂又不失活潑，代表馬克思主義學院沉穩的工作作風但又勇敢無畏、發展創新的奮進精神。 

標志遠處的高山意為馬克思主義理論是人類思想的高峰，底部的書籍為馬克思主義經典著作，二者皆呈“M”形，代表馬克思主義學院。中間圖案主體為書上立起的火炬，代表馬克思主義著作產生的思想光輝，與遠處山峰結合也有馬克思主義是勇攀高峰道路上的思想指引之義。火炬與書的連接處設計成筆頭，象征著馬克思主義師生以筆為劍的精神。整體圖案形如一人，火炬是迸發靈感的頭腦，兩座山峰如人之雙肩，勇擔時代之責，并用筆在書上寫作，引李大釗先生之聯“鐵肩擔道義，妙手著文章。” 

標志以綠色為主色調，顯示出為希望、和平、成長的氣象，寓意馬院學子風華正茂、青春向上，也體現出馬克思主義學院作為意識形態工作的前沿陣地，肩負著傳承發展馬克思主義理論、培育社會主義事業的合格建設者和可靠接班人的重要使命。院徽整體為圓形，由兩個同心圓組成，外環上半部分為醒目的“東南大學馬克思主義學院”，下半部分為其英文名稱。內圓包含三層，上方的細線是標志性建筑四牌樓校區大禮堂，與東大校徽相呼應，體現學校特色；小篆體的“馬”字在內圓的正中心，線條勻凈而長，呈現出莊嚴美麗的風格；其下方是學院成立時間2011，馬克思主義學院不忘初心至今已走過整10年的風雨歷程。